继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世…

在未来一场激动人心的战争中哥斯拉和金刚两个如同神衹一般强大的对手相会，这是世界的命运。金刚和他的保护者一起踏上艰难的旅程，为保护家园而战。和他们一起前进的是一个孤儿小女孩——吉雅，这个小女孩和金刚之间有着一种独特而又强烈…